農業農村部南京農業機械化研究所前身是1934年中央農業實驗所時期成立的病蟲機械實驗室，1957年獨立建制，是中國農業科學院九大學科群中農業工程學科群的主要依托單位之一，是農業工程科研領域國家ji研究所。建所前后發明的具有世界里程碑意義的水稻插秧機、機動噴霧機代表了當時我國農業機械研制的先進水平。

經過80年的建設，研究所現占地382畝，在職職工260人，其中研究員30余人、副研究員65人。設有穗粒類收獲機械、種植機械、莖稈類收獲機械、生物質轉化利用裝備、綠色耕作與土下果實收獲機械化、主要糧經作物初加工裝備、植保機械、農業機械化技術系統優化與評價、主要作物智能農機裝備與技術、果蔬茶類收獲機械、特色農產品干制與加工裝備11個科研創新團隊。農業農村部現代農業裝備重點實驗室、農業農村部南方種子加工工程技術中心、國家植保機械質量監督檢驗中心、機械工業耕作機械產品質量檢測中心等掛靠研究所建設。編輯出版《中國農機化學報》《農業裝備與開發》《智能化農業裝備學報》與《中國農機化年鑒》。